El posgrado en Historiografía es un programa de estudios pionero en el campo de las humanidades, fruto de un proceso de reflexión y reformulación profunda de la docencia en esta disciplina que implicó la desaparición de la Maestría en Historiografía de México, creada por un grupo de profesoras y profesores de la Unidad Azcapotzalco en 1994.

El Plan de estudios de este nuevo posgrado, planteado como un programa integral con tres niveles (Especialización, Maestría y Doctorado) e ingreso bianual, fue aprobado por el Colegio Académico en su sesión 281 del 30 de noviembre de 2006, para iniciar en el trimestre 2007 - Otoño. Su principal diferencia con la Maestría en Historiografía de México que le antecedió es haberse orientado no ya en torno a la investigación historiográfica en el ámbito nacional sino a una reflexión de orden disciplinario general, con un fuerte componente teórico y una vocación interdisciplinaria y comparativa. La problematización y análisis de discursos y representaciones del pasado formulados en diferentes tiempos históricos, así como distintos espacios geográficos y sociales, sus fundamentos y determinaciones culturales, políticas, económicas e ideológicas, entre otras, ha sido la columna vertebral que articula desde sus inicios a este posgrado integral.

El programa ha transitado por una adecuación en donde se amplio el tiempo de duración del plan de estudios de doctorado, de tres a cuatro años y en la sesión 463 aprobada el 24 de julio de 2019 se modificó el plan y programa de estudios de forma integral eliminando el nivel de Especialización que tenía un carácter profesionalizante para concentrarse en los niveles que se orientan a la investigación: Maestría y Doctorado. A pesar de que esta vocación de formar profesionistas altamente especializados para la generación de conocimiento original da al programa un carácter tutoral centrado en guiar y apuntalar los procesos de investigación del alumnado, tiene también un importante contenido formativo en asignaturas, Unidad de Enseñanza-Aprendizaje (UEA) temáticas obligatorias y optativas.